年糕，糕点微波杀菌设备具有热效应和非热效应双重杀菌作用，加上紫微光波杀菌作用，从而达到杀菌的目的。微波非热效应杀菌机理的简述是：微波作用能改变生物性排列聚合状态及其运动规律，而且微波场感应的离子流，会影响细胞膜附近的电荷分布，导致膜的屏障作用受到损伤，影响NA—K泵的功能。从而干扰或破细胞的正常新陈代谢功能，导致细菌生长抑制、停止或死亡。
年糕，糕点微波杀菌设备的热效应主要起快速升温杀菌作用。而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。因此，微波杀菌温度低于常规方法，一般比较，常规方法杀菌温度要在100-120度以上，时间要在十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅在70至90度，时间约为几分钟（例如：豆制品细菌总数6-7万左右，经过微波杀菌以后细菌总数只有6千以下，大肠菌群小于30，时间十五分钟左右达到食品杀菌的要求）

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