微波杀菌设备，微波改变生物聚合状态和运动安排的作用，在微波场诱导离子电流直接影响细胞膜附近的电荷分布，从而干扰或破坏细胞的正常代谢，微生物的生命下控制，可以抑制细菌的生长，停止生长，死亡，从而达到杀菌效果。
微波杀菌设备中使用微波杀菌，保鲜是微波加热效果的共同作用的结果。主要的热效应微波杀菌迅速升温，微生物，而不是热效应，使蛋白质和生亘活性物质的变化，从而失去活力或死亡。
微波杀菌设备的使用温度常规：该设备温度低于传统的微波灭菌方法，在一般情况，常规的方法杀菌需要100摄氏度以上的杀菌温度，时间10分钟至几十分钟，而微波杀菌温度为约85℃，时间为几分钟，可满足几乎所有种类的杀菌需求。
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